Mysterier er en underfundig fortælling om ungdommelig søgen og eksistentiel splittethed.
Johan Nilsen Nagel er en både drømmende og begavet ung mand fra Kristiania (nuværende Oslo), der flygter fra sit borgerlige liv for at søge mening og autenticitet i tilværelsen. I den nordnorske by Bosund møder han en række gådefulde og fascinerende karakterer, der hver især afspejler forskellige aspekter af det at være menneske.

Gennem Nagels indre rejse udforsker Hamsun de dybere lag i menneskets psyke, og han skaber en dragende atmosfære af uvished omkring Nagels formål og skæbne. Mysterier er Hamsuns formmæssigt mest eksperimenterende og modernistiske roman.